A pesar de su enorme utilidad preventiva, existen precauciones reales que deben tomarse en cuenta. Los riesgos principales incluyen una pequeña probabilidad de hemorragia, especialmente si se extirpa algún tejido durante la exploración.
También existe un riesgo raro pero sumamente grave de perforación intestinal, un desgarro accidental en el colon que requiere cirugía de emergencia.
Además, este examen no es apto para cualquier persona. Aquellos pacientes que sufren brotes agudos de enfermedades inflamatorias severas, como megacolon tóxico, tienen estrictamente prohibida la colonoscopia por el alto riesgo de ruptura.
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