A pesar de su enorme utilidad preventiva, existen precauciones reales que deben tomarse en cuenta. Los riesgos principales incluyen una pequeña probabilidad de hemorragia, especialmente si se extirpa algún tejido durante la exploración.
También existe un riesgo raro pero sumamente grave de perforación intestinal, un desgarro accidental en el colon que requiere cirugía de emergencia.
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